Vuosikokous valitsee Naisjärjestöjen Keskusliitolle hallituksen, johon kuuluvat puheenjohtaja, kaksi varapuheenjohtajaa ja kymmenen jäsentä. Hallituksen puheenjohtajan ja muun jäsenen toimikausi on kolme vuotta. Henkilö voi olla hallituksen jäsen yhtäjaksoisesti enintään kuusi vuotta.
Hallitusta auttavat päätöksenteossa erilaiset toimikunnat: viestinnän, vaikuttamisen ja kansainvälisten asioiden toimikunta, oikeudellinen toimikunta, järjestö- ja taloustoimikunta, työvaliokunta, henkilöstövaliokunta ja vaalivaliokunta. Toimikuntien puheenjohtajina toimivat Keskusliiton hallituksen jäsenet, mutta jäseniä voivat olla myös hallituksen ulkopuoliset jäsenjärjestöjen edustajat.
Hallitus 2024
Puheenjohtaja
Saara-Sofia Sirén
Suomen Voimisteluliitto ry
Hallituksen jäsenet
Tiina-Emilia Kaunisto
Varapuheenjohtaja
Mothers in Business MiB ry
Aila Naalisvaara
Varapuheenjohtaja
Marttaliitto ry
Katju Aro
Naisten Linja Suomessa ry
Jutta Hartikainen
Suomen Akateemisten Naisten Liitto ry
Marjo Lyyra
Suomen Kätilöliitto ry
Sallamaari Muhonen
Vihreät Naiset ry
Carita Orlando
Suomen Yrittäjänaiset ry
Tuula Pohjola
Soroptimist International Finland ry
Elina Pokki
Kuurojen Liitto ry
Olga Silfver
Monika-Naiset Liitto ry
Johanna Sjöholm
Nicehearts ry & Suomen Naisyhdistys ry
Jaana Tiiri
Vammaisten naisten valtakunnallinen yhdistys Rusetti ry
